Việc xác định vật chứng có là công cụ, phương tiện để phạm tội hay không? vật chứng nào thì phải xem xét tịch thu nộp ngân sách nhà nước hay trả lại cho chủ quản lý còn nhiều vướng mắc do chưa có hướng dẫn cụ thể, dẫn đến việc nhận thức, áp dụng pháp luật của các cơ quan tố tụng chưa thống nhất.